Издавачката дејност на Музејот на Македонија се состои од одделни периодични стручно-научни списанија во кои се публикуваат истражувањата и нивните резултати, потоа монографии за позначајните колекции, водичи за постојаните поставки, бројни каталози за тематските изложби, мапи со избрани мотиви, разгледници и друг вид пропаганден материјал.
ВОДИЧИ
- Водич низ археолошката поставка, Скопје, 1998
- Водич низ постојаната етнолошката поставка, Скопје, 2002
- Елеонора Петрова, „Стоби", Скопје, 2003
ПЕРИОДИКА (од 1990 до 2002 година)
- Археологија 1, Скопје, 1994
- Етнологија 1, Скопје, 1992
- Историја 1 и 2, Скопје,1992,1993
- Средновековна уметност 1, 2, 3, Скопје, 1993, 1996, 2001
- Македонски нумизматички гласник 1, 2, 3, 4, Скопје, 1994, 1996, 1999, 2000
- Етнологија 2 и 3, Скопје, 2002, 2005
- Средновековна уметност 4, Скопје, 2003
Трудови од Меѓународниот симпозиум одржан во Струга 1997 (археологија)
- „Македонија и соседните региони од III до I милениум пред н.е.", Скопје, 1999
Трудови од Меѓународниот симпозиум во Струга 1996 (етнологија)
- „Маски", Скопје, 1998
ОСТАНАТИ ИЗДАНИЈА (од 1990 до 2002 година)
- Драги Митревски, „Дедели", Скопје, 1991
- Елеонора Петрова, „Бригите на централниот Балкан во II и I милениум пред н. е.", Скопје, 1996
- Викторија Соколовска, „Етничките носители од требенишката некропола", Скопје, 1997
- Драги Митревски, „Протоисториските заедници во Македонија", Скопје, 1997
- Петар Намичев, „Селската архитектура во Малешево од XIX и почетокот на XX век", Скопје, 1998
- Елеонора Петрова, „Пајонија", Скопје, 1999
- Елизабета Конеска, „Бакарни садови во Македонија од османлискиот период", Скопје, 2000
- Петар Намичев, „Народна архитектура во реканското подрачје", Скопје, 2000
- Фаница Вељановска, „Антрополошки карактеристики на средновековното население од Црквиште - Демир Капија", Скопје, 2001
- Викторија Поповска-Коробар, „Икони од Музејот на Македонија", Скопје, 2004
- Петар Намичев, „Руралната архитектура во Југозападна Македонија од XIX-от и почетокот на XX-от век", Скопје, 2005
КАТАЛОЗИ (од 1990 до 2002 година)
- Љубомир Белогаски, Скопје, 1997
- Резбата во македонската куќа, Скопје, 1998
- Теракотни икони од Виница, Скопје, 1991
- Волшепството на сребрената нишка, Скопје, 1998
- Старо оружје, историја, култура, традиција, Скопје, 1998
- Полошки манастир Св. Ѓорѓи, Скопје, 1998
- Ала турка ала франга, Скопје, 1999
- Од традициите на минатото, Скопје, 1999
- Лесновски манастир (Св. Архангел Михаил и Св. Гаврил Лесновски), Скопје, 2000
- Забрадување и покривање, Скопје, 2001
- Македонија низ традициите на секојдневието и празнувањето, Скопје, 2002
- Македонските христијански корени, Скопје, 2001
- Народната уметност на Мазовија, Скопје, 2002
- Од староградските влашки одаи, Скопје, 2003
- Кресна, Илинден, АСНОМ, Самостојност, 1903-2003, Скопје, 2003
- Танцот на стаклените перли, Скопје, 2003
- Ехото на македонските сефради, Скопје, 2003
- Македонски бронзи, Скопје, 2003
- Преродбени портрети, Скопје, 2003
- Macedonian wedding horse-rugs, Skopje, 2003
- Јуруци, Скопје, 2004
- АСНОМ 1944-2004, Скопје, 2004
- Традиционална градска архитектура, Скопје, 2004
- Курбан ветен обреќен наречен, Скопје, 2004
- Победата над фашизмот, Скопје, 2005
- Праисториските дами од Македонија, Скопје, 2005
- Фрескосликарството во Македонија од XI-XIV век, Скопје, 2005
- Крстови од колекциите на музеите во Македонија, Скопје, 2008
