Збирката содржи фрагменти од средновековната камена архитектонска декорација која хронолошки му припаѓа на времето до XIV век. Тоа се остатоци од скулптирани олтарни прегради, портали, капители и крстилници.
Во збирката се застапени бројни фрагменти од црквата Св. Архангели во Призрен, еден поголем фрагмент од портал од непозната средновековна црква во Скопско, крстилницата од Марковиот манастир, делумно сочуваниот мермерен иконостас од Св. Атанасиј во Лешок и други.
фотогалерија
Ѕидно сликарство
Најстарите фрагменти од збирката на фрескоживопис потекнуваат од крајот на X и првата половина на XI век. Тоа се два мали фрагменти од ликови на светители со нимбови околу своите глави. Едниот фрагмент потекнува од најстариот слој во комплексот на Водочката црква (крај на X век), а вториот од епископскотото седиште Мородвис (средина на XI век).
Најубавитеи најрепрезентативните примероци на оригинален фрескоживопис во збирката на Музејот потекнуваат од комплексот на црквата Св. Леонтиј во Водоча, од првата половина на XI век. Тоа се две монументални претстави на ѓаконите Исавриос и Евплос.
Од истиот период од оваа црква потекнуваат и двата извонредни фрагменти од композициите на циклусот на Богородица, Јосиф во пустината и Одбивањето на даровите.
Од црквата Св. Богородица Елеуса во Вељуса (околу 1080) потекнуваат претставата на еден епископ и фрагмент од композиција која првобитно била насликана на јужната фасада на црквата, од околу 1160 година. На овој фрагмент се гледа фигурата на Христос насликана во најубавите традиции на комненската уметност од третата четвртина на XII век.
Од XIII век, во збирката на Музејот се наоѓаат само мали поединечни фрагменти на ликови на архиереи од црквите на средновековен Прилеп, особено од црквата Св. Архангели во Варош.
Од средината на XIV век потекнуваат многу важни фрагменти на фрески (ликови на светители, нимбови, светителска одежда, делови од сликани капители на архитектонски градби) од задужбината на Стефан Душан од црквата Св. Архангели на Бистрица крај Призрен. Фреските се пронајдени во текот на археолошките ископувања од почетокот на 30-тите години на минатиот век.
Од оваа време датира и еден поголем фрагмент од непознат објект - старозаветна композиција, на која може да се види старозаветен пророк со карактеристична еврејска капа на главата, а над него делови од нозе на ангелска фигура.
Од крајот на XIV век потекнува еден поголем фрагмент од капелата која била изградена во северисточниот дел на црквата Св. Богородица во манастирот Матејче. Фрагментот претставува една цела композиција врамена со црвена бордура, во која се старозаветните пророци Мисаил и Седрах со карактеристични еврејски капчиња.
Од црквата Св. Архангели во село Чичево, потекнуваа и една поголема групација на фрагменти на фрескоживопис од средината на XV век. Од олтарниот простор на некогашната црква се претставите на тројца архиереи насликани во медалјони. Првиот меѓу нив е големиот чудотворец и епископ на кипарскиот Тримуртин, св. Спиридон, до него е насликан епископ чија сигнатура е целосно исчезната, а во третиот медалјон е насликан св. Методиј.
Од истата црква од делот околу олтарната преграда потекнуваат претставите на многу почитуваниот Христов архиереј св. Никола и фигурата на славниот монах, основоположникот на египетското монаштво,св. Антониј.
Од поствизантискиот период потекнува и еден поголем дел од композицијата на Христовото Вознесение, и дел од архиерејска фигура која во рацете држи отворен свиток со испишан текст од литургијата.
Во рамките на постојаната музејска поставка можат да се видат фреските со циклусот на животот и страдањата на св. Ѓорѓи од западната фасада на Полошкиот манастир, сликани во 1609 г.
Галеријата на икони во Музејот на Македонија во Скопје е најбогатата од тој вид во Република Македонија. Содржи над 400 икони кои потекнуваат од почетокот на XIV до средината на XX век.
Во постојаната изложбена Галерија на икони, со стотина примероци се презентира само дел од колекцијата на Музејот на Македонија, што го претставува нејзиното јадро од најстари, најтипични и најрепрезентативни примероци на своето време.
Според хронолошката застапеност на иконите, колекцијата може да се нарече поствизантиска и доцносредновековна.
Таа овозможува да се добие јасна претстава за различните периоди во сликарството и резбата, за различните форми на иконата во зависност од нејзината функција и за зографските работилници, односно за непрекинатата и витална присутност на религиозната слика во православното секојдневие.
Од фондот на некогашниот Црковен музеј се сочувани скромен број на примероци од популарната графичка уметност. Тоа се дрворези „стампи" од клишеа со локално потекло од раниот XVII и XVIII век и светогорски книжни икони од XIX век,отпечатоци од бакрорези.
Во колекцијата се чуваат и примероци на антиминси од кои најстариот датира од 1780 година и најновиот примерок од 1915 година.
Збирката на предмети од применетата уметност содржи 160 богослужбени и украсни предмети од метал, дрво и текстил.
Најзначајни предмети во збирката се во целост сочуваниот метален полиелеј (хорос) од црквата во Псача, кривопаланечко од XIV век, фрагменти од полиелеј и кадилница од истото време од Марковиот манастир кај Скопје.
Бројни се сребрените опкови за икони и кадилници, главно од доцносредновековниот период, меѓу кои е и една кадилница од XVI век од манастирот Св. Прохор Пчински.
Интересен пример за уметничка обработка на текстилот се два фелони (свештеничка одежда) од втората половина на XVIII век од ризницата на Бигорскиот манастир.
