Одделот за aрхеологија е формиран во 1977 година, а потоа прераснал во Археолошки музеј на Скопје во рамките на новоформираната институција - Музеј на Македонија. Примарните активности на Одделот се собирање, истражување, заштита и презентирање на археолошкото богатство на Република Македонија. Постојаната изложба на Музејот на Македонија содржи археолошки предмети собрани главно од ископувањата низ целата држава.
Овие артефакти, хронолошки се презентирани низ следниве збирки:
- ПАЛЕОЛИТ
- НЕОЛИТ
- ЕНЕОЛИТ
- БРОНЗЕНО ВРЕМЕ
- ЖЕЛЕЗНО ВРЕМЕ
- ПРЕДРИМСКИ ПЕРИОД
- РИМСКИ ПЕРИОД
- ДОЦНА АНТИКА
- ТЕРАКОТНИ ИКОНИ
- ПРЕСЕЛБА НА НАРОДИ
- ВИЗАНТИСКО-СЛОВЕНСКИ ПЕРИОД
(Епископски комплекс Моробисдон) - СЛОВЕНСКО-ВИЗАНТИСКИ ПЕРИОД
- НУМИЗМАТИКА
- ЕПИГРАФИКА
- КУРШУМЛИ - АН
